新生儿肝炎综合征的诊断比较困难。孕妇乙型肝炎表面抗原（HBsAg）阳性所生婴儿，在生后半年内有20%～50%成为HBsAg携带者，但多数无症状。乙型肝炎病毒母婴传播以通过产道时感染婴儿的机会远较宫内时多。中国医科大学附属二院在80例婴儿综合征进行尿病毒分离及部分血清IgM抗体测定中证实12例为巨细胞病毒肝炎。新疆自治区医院在16例新生儿肝炎中，半数由尿脱落细胞找到巨细胞包涵体。由新生儿败血症引起的黄疸，血培养可阳性。此外尚有原因不明的新生儿黄疸病例。

本病与新生儿先天性胆管闭锁有时很难鉴别。但若把新生儿肝炎误认为胆管闭锁而作手术，可使病情恶化。有关这两个病的鉴别诊断见下文胆管闭锁节。