蛔虫经壶腹乳头进入胆管引起乳头炎症，继而发生Oddi括约肌痉挛及胆管扩张。蛔虫大多停留于肝外胆管，偶尔也进人肝内胆管，可引起胆管穿破或蛔虫性肝脓肿，嵌塞肝内胆管可引起急性要甚至数十条蛔虫进入胆管，则难于退尽，在一定时间内大多数死于胆道内，残骸腐烂、碎裂，随胆汁排出，部分残骸、角皮或虫卵长时间停留于胆管内，可成为胆石的核心，因此，它也是原发性肝内胆管结石成因之一。

 虫卵随胆汁返流至较小胆管，进入汇管区胆管，可有嗜酸细胞、浆细胞及巨噬细胞浸润，形成肉芽肿，以后肉芽肿愈合遗有透明质样疤痕。