PSC早期主要为胆道系统的纤维化改变，累及整个肝内、外胆道系统，少数仅累及肝外胆道系统，后期肝实质细胞受损。

一、肝内、外胆管的改变

（一）肝外胆管的改变

纤维增生，瘢痕形成，管壁增厚，在胆道腺体周围，有炎性细胞呈群集样浸润，这些变化为非特异性的，与手术创伤引起的术后胆道狭窄无明显区别。

（二）肝内胆管的改变

1.肝内大胆管的改变  组织学上肝内大胆管的改变与肝外胆管所见相似，胆管纤维化呈节段性分布，狭窄与扩张交替出现，在胆管选影图片上呈串珠样改变。

2.肝内小胆管的改变  典型改变为有的汇管区胆管增生，有的汇管区胆管减少，另一些汇管区则呈水肿，常伴有纤维性胆管炎（fibrous　cholangitis）/胆管周围炎。这些组织学所见并不能确立PSC的诊断，需结合临床表现才能确诊。在肝组织学上偶见胆管转化为一条实心的纤维索，此种情况几乎可以确诊PSC，但仅见于少数（<5％）PSC病人。

二、肝实质细胞的改变

PSC病人肝活组织学检查显示，早期病变仅限于胆管，不累及肝实质，随着疾病的进展以及毒性胆汁酸的潴积，在中、晚期可分别出现碎屑样坏死，桥架状坏死，肝实质的改变不是诊断PSC的依据，但对PSC的分期及预后有重要意义。

三、组织学分期

PSC的分期与PBC相似，亦根据肝实质受累的情况、纤维化程度以及肝硬化的有无分为Ⅰ-Ⅳ期。

Ⅰ期：即门脉期（portal　stage），病变仅累及门脉区胆管，不影响门脉周围的肝实质，没有或极少有门脉周围肝实质炎症及纤维化，故亦称门脉肝炎（portal　hepatitis），汇管区不扩大。

Ⅱ期：即门脉周围期（periporl stage），病变累及门脉周围，门脉周围纤维化，可伴有或不伴有肝炎，汇管区明显扩大，可见新形成的界限板，但此期尚难以辨识出胆汁性或纤维化引起的碎屑样坏死。

Ⅲ期：即纤维隔形成期（septal　stage），纤维化及纤维隔形成及（或）桥架状坏死；肝实质还表现胆汁性或纤维化所致的碎屑样坏死，伴有铜沉积。胆管严重受损或消失。

Ⅳ期：即肝硬化期（cirrhotic　stage），具有胆汁性肝硬化特征，肝实质变化一般较Ⅲ期更明显，胆管常消失。