PSC呈慢性进展性过程，自诊断之日起，其存活时间约10-15年。年龄、血清胆红素、肝组织学分期及肝硬化并发症，是提示预后危险度的重要指标。

一、自然病程

Mayo医院对174例PSC病人进行了平均6年时间的随访，自诊断之日起，其中位存活时间为11.9年；诊断时无症状的PSC病人45例，在随访6.25年期间，76％病人在临床症候、胆管造影及组织学等方面，均呈不同程度进展；31％的病人因肝衰竭死亡或需要进行肝移植。另一组报道则相反，自诊断PSC之日起，其平均存活时间为17年。出现上述差异最重要的原因，与分析存活时间的起点不同有关，以胆管造影作为诊断依据与计算存活期的起点，则其存活时间相对较短；如以首见临床症状/生化异常作为诊断依据与计算存活期的起点，则其存活时间相对较长。因此，各学者报道PSC自然病程的长短，不是疾病本身的差异，而是受随访时间起点的影响。

二、预后

预后的判别对肝移植时间的选择及疗效的判断均有重要意义。应用精确的统计学方法，多采用Cox多变量回归分析，建立预后的数理模型，例如最早的是Mayo-PSC模型，该模型筛选出提示预后危险度的变量为：年龄、血清胆红素浓度、血红蛋白及组织学分期。其后经过多中心（5个国际医学中心）对426例病人进行长达3年（中位时间）的随访研究，又建立了Mayo-PSC危险度计分系统，筛选出危险因子的变量为：年龄、血清胆红素浓度、组织学分期以及脾脏肿大，据此可计算出每个病人的危险度计分，计分的高低，具有测算存活时间的功能。

另外，传统的Child-Pugh对肝硬化计分、分级标准，对PSC预后的判断亦有意义。晚近，Kim等建立了不用肝组织学分期的PSC自然病程模型（natural　history model），由于该模型不受肝组织学分期的限制，这对临床医生来说，具有更广泛的实用价值。